经查，马某某在担任云南某学院党委副书记、院长期间，严重违反政治纪律，与他人串供，伪造、转移、隐匿证据，对抗组织审查；严重违反廉洁纪律，收受熊掌和长时间借用管理服务对象的车辆；严重违反生活纪律，与他人长期保持不正当性关系，造成不良影响；违反国家法律法规规定，利用职务之便，为他人谋取利益，多次收受他人所送现金。其行为已构成违纪并涉嫌犯罪。
     马某某身为党员领导干部，党性观念淡漠、党纪意识淡薄，其违纪行为性质恶劣，情节严重且涉嫌犯罪，应予以严肃处理。根据《中国共产党纪律处分条例》《中华人民共和国监察法》等有关规定，经省纪委常委会、省监委委员会会议研究并报省委批准，决定给予马某某开除党籍、开除公职处分。涉嫌犯罪问题及款物由司法机关依法处理。